Woda powierzchniowa dla potrzeb EC I pobierana jest z rzeki Brdy za pomocą własnego ujęcia brzegowego, natomiast woda pitna kupowana jest z Wodociągów Miejskich w Bydgoszczy.
Do rzeki Brdy dwoma wylotami kierowane są ścieki przemysłowe i wody pochłodnicze. Ścieki socjalno-bytowe kierowane są do miejskiej sieci kanalizacyjnej.

Elektrociepłownia Bydgoszcz II zaopatrywana jest w wodę powierzchniową własnym ujęciem z rzeki Brdy. Woda pitna obecnie kupowana jest od Wodociągów Miejskich.
Ścieki powstające w EC II oraz nadmiar wód nadosadowych z miejsc gromadzenia odpadów odprowadzane są dwoma wylotami do rzeki Brdy oraz do kolektora miejskiego.

Elektrociepłownia Bydgoszcz III nie posiada własnego ujęcia wody, zaopatrywana jest przez EC (woda zdemineralizowana) oraz przez Zakłady Chemiczne "Zachem" (woda przemysłowa i pitna).
Ścieki odprowadzane są do kanalizacji zakładowej Z.Ch. "Zachem".

Wszystkie elektrociepłownie posiadają ważne decyzje administracyjne na pobór wód powierzchniowych z rzeki Brdy i doprowadzenie do niej ścieków.

EC Bydgoszcz I
Decyzja Prezydenta Bydgoszczy (znak: WGK/248/06 z dnia 01 marca 2006 r.) udzielająca Zespołowi Elektrociepłowni Bydgoszcz S.A. w Bydgoszczy ul. Energetyczna 1, 85-950 Bydgoszcz, pozwolenia zintegrowanego dla Elektrociepłowni Bydgoszcz I przy ul. Żeglarskiej 4 w Bydgoszczy. Termin ważności pozwolenia: od 01 marca 2006 roku do 29 lutego 2016 roku.

EC Bydgoszcz II
Decyzja Wojewody Kujawsko-Pomorskiego (znak: WSiR.III.HF/6618/23/05 z dnia 30 grudnia 2005 r.) udzielająca Zespołowi Elektrociepłowni Bydgoszcz S.A. w Bydgoszczy ul. Energetyczna 1, 85-950 Bydgoszcz, pozwolenia zintegrowanego dla Elektrociepłowni Bydgoszcz II przy ul. Energetycznej 1 w Bydgoszczy. Termin ważności pozwolenia: od 1 stycznia 2006 roku do 31 grudnia 2015 roku.

EC Bydgoszcz III
Decyzja nr WGK/249/06 z dnia 01.03.2006 r., wydana przez Prezydenta Bydgoszczy,  ważna do dnia 29.02.2016 r.